فرایند پذیرش مقالات در نشریه "پژوهش های کاربردی مهندسی آب" به شرح زیر می باشد:
1- بررسی اولیه
2- ارسال به سردبیر جهت تعیین داور یا دبیر تخصصی و در نهایت ارسال مقاله برای داوران گرامی
3- داوری دو سو کور
4- تصمیم گیری اولیه
با توجه به پیشنهاد داوران در ارزیابی مقاله، تصمیم اولیه بر اساس یکی از موارد زیر اتخاذ خواهد شد:
5- پس از پذیرش مقاله
پس از پذیرش و پرداخت هزینه چاپ، چکیده مقاله برای سردبیر برای ویراستاری چکیده فارسی و انگلیسی ارسال می گردد و مقاله برای انجام حروف‌چینی به صفحه آرا ارسال می شود. پس از تکمیل چکیده ویراستاری شده به نویسندگان ارسال خواهد شد که طی آن، تأیید وابستگی سازمانی و مشخصات نویسندگان(بدون تغییر در تعداد)، تایید اصلاحات چکیده مقاله درخواست می گردد. هنگامی‌که نویسندگان این مرحله را به پایان رساندند، مقاله برای چاپ پردازش میشود و «جلد و شماره» به مقاله اختصاص داده می شود. سپس مقاله به صورت آنلاین نهایی می شود.
زمان انتظار برای چاپ مقاله بستگی به تعداد مقالات پذیرفته شده دارد. با این حال، مقالات به محض پذیرش نهایی در بخش «مقالات آماده چاپ» در سایت مجله در دسترس خواهند بود. پس از تکمیل مقالات هر جلد، همه مقالات با فرمتهای PDF به‌صورت رایگان در سایت مجله قابل دانلود می‌باشد.